Nguyễn Huỳnh Mai ra đời tại làng Long Kiến, tỉnh Long Xuyên, An Giang bên dòng sông Cửu Long. Từ năm lên ba, sống tại một ngôi nhà gần Tổ Đình ở làng Hòa Hảo (nay là huyện Phú Tân), nơi Đức Huỳnh Giáo Chủ khai sáng đạo Phật Giáo Hòa Hảo, thuộc quận Tân Châu, tỉnh Châu Đốc ở miền Tây Việt Nam.
Đời sống, con người, sự bình yên của ngôi làng đạo, cũng như lời dạy qua sấm giảng thi văn của Đức Thầy vang lên từ các độc giảng đường, hay được nghe cha mẹ đọc trong gia đình ngày đêm đã nhuần thấm trong tâm hồn thuần khiết của đứa bé, đã hun đúc một niềm tin sâu xa vào nền đạo, cũng như một tình yêu quê hương, dân tộc, và hòa bình cho nhân loại.
Vào thời Đệ Nhất Cộng Hòa, khi Phật Giáo Hòa Hảo bị đàn áp, Nguyễn Huỳnh Mai theo gia đình sống lưu vong tại Cao Miên, sau đó trở về Việt Nam năm 1964 khi tôn giáo được phục hoạt vào thời Đệ Nhị Cộng Hòa, rồi một lần nữa lại phải cùng đại gia đình rời quê hương khi mất nước.